国民党成立初期，由于孙中山正致力于实业建设，国民党的领袖人物实际上是代理理事长宋教仁。英气勃发的宋教仁很想借助于国民党，干出一场轰轰烈烈的大事。在他起草的《国民党宣言》中，明确提出：中国虽号为共和立宪，而实无强健而良善之政党焉，因此，国民党决心以巩固共和，实行平民政治为根本宗旨，在中国完成共和立宪政治，组织志同道合之政党内阁。
国民党成立之时，袁世凯一直持观望态度。观望，是因为袁世凯对于现代政党政治缺乏经验，一时把握不准。袁世凯毕竟是一个传统意义上的权臣，他在对国内政治、经济建设，以及权力的控制方面，堪称经验老到的，但在组织政党、争取选民、控制议会这套新鲜玩意上，就显得很外行了。正当袁世凯与孙中山言谈甚欢，双方合作愉快的时候，国会的选举进入了高潮。在宋教仁的亲自策划和领导之下，国民党利用强大的组织力量，在1912年12月至1913年2月的国会议员选举中，击败共和、民主、统一三党，大获全胜，在众参两院八百七十个议席中独占三百九十二席，成为国会中第一大党。国民党人的胜利，使实际负责国民党事务的宋教仁踌躇满志。按照《临时约法》，建立责任内阁的规定，议会第一大党当然组阁，其党魁当然出任内阁总理。于是，年轻的宋教仁奔走于湖北、湖南、江西、安徽等地，发表竞选演说，抨击时弊，指责政府，极力鼓吹政党政府。
宋教仁这样的方式，自然遭到了另一种对于政治理解方式的抵触——1913年3月21日22时45分，上海老火车站，国民党代理理事长宋教仁准备乘火车前往北京，参加第一届国会开幕大会。在检票口时，突然一个人迎面走来，连开三枪。宋教仁倒在血泊之中，凶手从容不迫地离去。到了第二天凌晨，由于子弹携有剧毒，宋教仁抢救无效，死于上海铁路医院，时年三十一岁。
宋教仁被刺后，神志还很清楚，挣扎着口述一封信给袁世凯。从信中看，宋教仁一点也没怀疑袁世凯。宋教仁的信原文为：
北京袁大总统鉴：仁本夜乘沪宁车赴京，敬谒钧座。10时45分在车站突被奸人自背后施枪弹，由腰上部入腹下部，势必至死。穷思仁自受教以来，即束身自爱，虽寡过之未获，从未结怨于私人。清政不良，起任改革，亦重人道，守公理，不敢有毫权之见存。今国基未固，民福不增，遽尔撒手，死有余恨。伏冀大总统开诚心，布公道，竭力保障民权；俾国家得确定不拔之宪法，则虽死之日，犹生之年。临死哀言，尚祈见纳。
宋教仁的死，引起社会舆论大哗。袁世凯看起来十分着急，接连发电慰问，又几次责成江苏地方当局，悬重赏侦破此案。侦破过程中，有人举报。警察根据举报人提供的线索，赶到一家妓院，将主谋犯应夔丞（亦名应桂馨）抓获。应夔丞曾任国民党上海都督陈其美府中侦探。通过应夔丞的招供，又抓获了凶手武士英。武士英是一个失业军人，系原云南七十四标四营管带。主谋犯应夔丞交代幕后指使者为内务部秘书洪述祖。洪述祖曾为台湾巡抚刘铭传的幕僚，曾经在采购军火时，侵吞公款被下狱。采购拿回扣，是当时的“潜规则”，并不能说明什么。民国之后，洪述祖以自己的干练和能力，成了内务总长赵秉钧的秘书。袁世凯对他也很信任，隆裕太后颁布的退位诏书，就是洪述祖草拟的。——看起来，这一回幕后的黑手似乎追到了北京政府，连原来的内务总长、现任代理国务总理的赵秉钧也逃不了干系。虽然没有充分证据显示此事为赵秉均指挥，但人们推测出，如果宋教仁回到北京，极可能取代赵秉钧担任总理，因此，赵秉钧参与谋杀的理由最充分，况且他本来就是特务和警察出身，习惯以这种方式解决问题——案情发展到这一步，种种迹象显示，袁世凯也脱不了干系了。
几天后，在日本的孙中山赶到上海，在黄兴寓所召开紧急会议。极端愤怒的情绪下，孙中山提议抛开法律程序，联合日本，举兵讨伐袁世凯政府。陈其美和戴季陶也拥护孙中山的主张。虽然黄兴极度悲愤，但还是理智认为，民国已建，应冷静采取法律途径处理此案，努力克制事端。况且此时南方武力已不足以言战，如果发难，则大局混乱，局面不可收拾。黄兴提出，既然袁世凯和赵秉钧已经表态，提议组成一个公正独立的法庭来调查此事，那么，一切都有待法律的定夺。在鼓动不利的情况下，孙中山只好听从黄兴的意见，暂时放弃了战争。
“宋教仁案”在随后的调查中，变得更加扑朔迷离。首先，宋教仁被刺杀时，情景令人费解，一个北上即将组阁的中国国民党代理理事长，竟然身边一个卫士都没有；而且，凶杀案发时，车站警察也不见踪影，凶手仅凭一把手枪行刺后就能从容逃逸。人们无法想象，这事发生在国民党地盘的上海。其次，凶手武士英被捕后，忽然暴毙狱中；已抓捕的直接主谋应夔丞在数月后，竟然越狱逃之夭夭；最后只剩下了被供出的主谋，原内务部秘书洪述祖。洪述祖把所有的责任都揽在自己身上，承认所有的事情都是自己做的，他辩解说：之所以策划杀宋教仁，是“满怀报国之情”，是为了揭露宋教仁，“使世人认清这位革命领袖的真面目”，一切与他人无关。一番调查之后，没有一项确凿证据能证明洪述祖所做，是赵秉钧或者是袁世凯暗中指使。即使是在应夔丞处查到的与赵秉钧的通电和信件，也是围绕取缔共进会和秘密结社的主旨，不能直接推论赵秉钧参与指挥刺杀宋教仁一事。上海地方检察院曾几次通过北京地方检察院传赵秉钧来上海对质，赵秉钧都以走不开为托词推脱。虽然案件一直没有突破性进展，但社会上的舆论已明显对赵秉钧和袁世凯不利。赵秉钧和袁世凯承受了巨大的压力。
3月30日，国民党本部在北京召开宋教仁追悼大会，一千多人参加了追悼会。赵秉钧特派亲信王治馨为代表参加。悲恸的国民党人看见赵秉钧的代表，群情激愤，纷纷指责宋案为赵秉钧所为，要求赵秉钧到会说明情况。王治馨情急之下，大声辩白说：“洪述祖虽然是内务部秘书，但他的行为系个人行为，与赵总理无关，总理对此毫无预闻。我这里有洪述祖与应夔丞的来往电文，请主持会议的吴景濂先生查收。现在有人要杀宋先生，但决不是赵总理！赵总理不能对此事负责，此责自有人负！”王治馨的说法显然意有所指。这一事件被登到报纸上后，又引起了一番新的骚动。
4月3日，赵秉钧在北京《新纪元报》上发表了一段谈话，说：“我和宋教仁，一任内务总长，一任农林总长，以同僚而为至友，他住在西直门外的农事试验场，离城十里，有时天晚来不及出城，他总住到我家中，我们感情甚洽，无话不谈，他离北京南下时，欠了五千余元的债，都是我替他还的。”赵秉钧的这段自白，又引起了一场轩然大波。
为了避免更大的纷争，不久，赵秉钧称病，向袁世凯递交了辞呈，住进了一家法国医院。袁世凯解除了赵秉钧的总理位置，安排他离开北京去保定就任直隶都督。一段时间之后，赵秉钧突然暴毙而亡。虽然社会上传闻说袁世凯在给赵秉钧送去的新疆葡萄里注射了剧毒，从而杀了赵秉钧。但袁世凯在赵秉钧逝世后的沉痛态度，又使很多人对这种说法半信半疑。毕竟，赵秉钧得罪人太多，即使是被杀，谁杀他都有可能。赵秉钧的死，使得“宋教仁案”更成了人们注目的“惊天大案”。有人推测到，袁世凯极可能就是最后的元凶；另一些人则不以为然，声称以袁世凯自身强大的实力、难以撼动的地位和声望，以及做事从不鲁莽的风格，根本不会出此下策暗杀宋教仁。毕竟，宋教仁在当时并没有对袁世凯造成直接威胁，袁世凯犯不着为此下策，丢弃形象和声望。还有一些人对事件持无所谓态度，因为当时社会民主并没有形成风气，皇权和专制的思想依在，在他们看来，如果总统要杀一两个“臣子”，不管方式如何，不值得大惊小怪。由于没有确凿证据，特别法庭迟迟无法判决，巨大的问号一直高悬，人们拭目以待，翘首事情的真实面目。