一条墙垣破解朝向之争
秦始皇帝陵园的内城之内早就发现有一条南北向的隔墙，与一条东西向隔墙一起围合成东西部一个“小城”，其内为墓葬区。
勘探结果显示，内城之内原来发现的那条南北向墙垣，北自内城北墙，南到内城东西向夹墙的门址西端，全长达６３２米，遗迹保存宽度为８米左右，遗迹保存厚度１．２－２．８米。其墙垣可分为基础、廓房散水、墙体三部分，北端廓房散水保存较好。在墙垣的西边缘发现一段南北长为７０米、宽为１．４－２米左右的廓房散水遗迹，在东边缘则发现一段南北长约１４．４米、东西宽２米左右的廓房散水遗迹。
除了搞清楚原来发现的南北向隔墙之外，尤其重要的发现是，陵园内城北半部不仅有一条南北向的墙垣，在其东边还存在着一条与其平行且等长的南北向墙垣，二者平行间距约７８米处，其遗迹保存宽度４．２米左右。
秦始皇帝陵博物院院长曹玮说，陵园内城北半部的两条南北向隔墙平行，正好与内城北墙和内城中部的东西向夹墙一起，构成一个狭窄的南北向通道，并且使内城北墙的东侧门址和内城东西夹墙的门址一起，与内城南门、外城的南门和北门在南北向上位于一条直线上。如此一来，这一通道就应是内城南北向的主道路，出此通道则直抵外城北门，从而构成了秦始皇帝陵园布局的南北向主轴。
秦陵曾遭洪水之害
针对秦始皇帝陵园的科学考古工作起源于１９６２年，其时陕西省文物管理委员会组织了对秦始皇帝陵园的第一次全面考古勘察工作，测绘出第一张陵园平面布局图，发现了诸多城垣等遗迹遗物。但是受两千多年的自然和人为破坏，古今地形地貌已有很大变化。
２０１０年以来，为了给国家遗址公园的建设和规划提供第一手的考古勘探资料，秦始皇帝陵考古队对陵园城垣及附近部分地区进行了复探，首先发现如今的陵园地形则主要是遭到南部山区的洪水之害，使陵园内长期形成并存在着多条河道。
勘探调查表明，秦始皇帝陵园（尤其是南部）的自然破坏主要来自于多条洪水形成的河道。从地理位置判断，最具破坏力的一条河道的洪水，应当来自骊山北麓最大的山口——大水沟。这条河道由外城东侧进入陵园，冲刷破坏了陵园外城的东南角，并进入陵园东部，沿东内外城间向北倾泻而下，从而对陵园东部区域的遗迹造成了很大破坏。
引人注意的是，秦始皇帝陵园的中北部区域可能也被来自东侧的洪水冲刷，内外两部分洪水的共同作用使外城东墙的大部分区段受到不同程度的破坏，外城东北角区域破坏最为严重。